Северодвинский гарнизонный военный суд был сформирован 1 октября 1940 году по приказу командующего Северным флотом от 19 сентября 1940 года № 0357 на основании приказа НК ВМФ от 6 августа 1940 года № 0548, как отдел военного трибунала Беломорской (Молотовской) флотилии.
Целью его создания являлась необходимость укрепления правопорядка в частях Беломорской военной флотилии, в состав которой входили несколько дивизионов кораблей, бригада морского траления, Беломорский укрепленный сектор береговой обороны, Иоканьгская военно-морская база, отдельный зенитный артиллерийский дивизион ПВО Северного флота и другие воинские части. Местом дислокации трибунала стал город Архангельск.
В последующем трибунал неоднократно переименовывался и назывался: военным трибуналом морского оборонительного района, военным трибуналом Молотовского гарнизона, а затем – военным трибуналом Северодвинского гарнизона.
В июне 1957 года на основании приказа военно-морского Министра СССР от 25 января 1957 года № 0050 военный трибунал Молотовского гарнизона был переведен к новому месту базирования в город Молотовск Архангельской области, в последующем ставшим городом Северодвинском.
В связи с внесением на основании закона РСФСР № 2708-1 от 21 апреля 1992 года в Конституцию РСФСР изменений, согласно которым военные трибуналы были включены в судебную систему Российской Федерации, военный трибунал Северодвинского гарнизона стал именоваться как Военный суд Северодвинского гарнизона. Позднее, на основании приказа Председателя Верховного Суда Российской Федерации от 9 декабря 1999 года №435КД, был переименован в Северодвинский гарнизонный военный суд.
За время существования суда его возглавляли:
- военный юрист Ковалев Григорий Иванович (с момента образования до августа 1941 года);
- подполковник юстиции Гаранин Борис Александрович (с 1941 по 1945 год), участник Великой Отечественной войны, награжден Орденом Красной Звезды, медалями «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.» и «За оборону Советского Заполярья»;
- полковник юстиции Стеблин Павел Федосеевич (с 1945 года);
- подполковник юстиции Копылов Леонид Николаевич (1951 год);
- полковник юстиции Кузнецов Н.И. (с 1952 по 1955 год);
- полковник юстиции Пантелеев Дмитрий Федорович (1956 год);
- подполковник юстиции Агеев Фёдор Федорович (с 1957 по 1959 год);
- подполковник Буданов Федор Петрович (с 1960 по 1961 год);
- майор юстиции Чижиков Пётр Григорьевич (с 1962 по 1965 год);
- подполковник Кривошеев Георгий Леонтьевич (с 1966 по 1968 год);
- майор юстиции Щетилов Пётр Иванович (с 1968 по 1974 год);
- подполковник юстиции Гапонько Владимир Григорьевич (с 1974 по 1982 год);
- подполковник юстиции Семенов Валерий Михайлович (с 1982 по 1987 год);
- подполковник юстиции Храпатый Николай Дмитриевич (с 1987 по 1991 год, заслуженный юрист Российской Федерации, полковник юстиции, в дальнейшем заместитель председателя военного суда Дальневосточного военного округа);
- майор юстиции Антонов Александр Николаевич (с 1992 по 1994 год), позднее являлся председателем Североморского гарнизонного военного суда, затем – заместителем председателя Северного флотского военного суда;
- полковник юстиции Букаренко Виктор Дмитриевич (на протяжении 15 лет, с 1995 года по 30 декабря 2010 года);
- полковник юстиции Зорин Олег Александрович (с 2011 по 2017 год).
Кроме того, в суде отправляли правосудие: с 1954 по 1956 года Мирецкий Сергей Георгиевич, ветеран Великой Отечественной войны, полковник юстиции в отставке, уволившийся с военной службы с должности начальника отдела Управления военных трибуналов; с 1967 по 1969 год – Иртегов Владимир Константинович, ставший в последующем председателем военного трибунала Северного флота, генерал-майор юстиции, судья высшего квалификационного класса; с 1975 по 1979 год – Кильчицкий Иван Федорович, полковник юстиции в отставке, после чего, на протяжении 8 лет, трудившийся советником судьи в Военной коллегии Верховного Суда РФ, являющийся помощником Депутата Государственной Думы РФ Седьмого и Восьмого созывов, и многие другие.
В обслуживании суда находятся воинские части Беломорской военно-морской базы, Государственного центрального морского полигона МО РФ и другие воинские части. Географически они находятся в различных частях Архангельской области.
Штат суда состоит из председателя суда, заместителя председателя суда и 3 судей, работников аппарата суда и обслуживающего персонала.
В настоящее время в суде работают: председатель суда Загорский Александр Юрьевич, судья Феоктистов Максим Викторович и судья Максименко Павел Владимирович.
Загорский А.Ю. окончил в 2005 году военный университет Министерства обороны Российской Федерации. С 2005 года по 2011 год проходил военную службу в должностях помощника судьи Североморского гарнизонного военного суда и помощника судьи Северного флотского военного суда. Указом Президента Российской Федерации от 26 июля 2011 года №1006 назначен судьей Заозерского гарнизонного военного суда. С 2013 по 2017 год судья Североморского гарнизонного военного суда. Указом Президента Российской Федерации от 01 января 2018 года №1 назначен заместителем председателя Северодвинского гарнизонного военного суда. Указами Президента от 06 декабря 2019 года №584 «О назначении судей федеральных судов» и от 06 октября 2025 года №706 «О назначении судей федеральных судов и о представителях Президента Российской Федерации в квалификационных коллегиях судей субъектов Российской Федерации» назначен председателем Северодвинского гарнизонного военного суда. Является судьей 5 квалификационного класса.
Феоктистов М.В. окончил в 2005 году военный университет Министерства обороны Российской Федерации. С 2005 по 2011 год проходил военную службу в должностях помощника судьи и помощника председателя Мурманского гарнизонного военного суда. Указом Президента Российской Федерации от 13 декабря 2011 года №1618 назначен судьей Северодвинского гарнизонного военного суда. Является судьей 5 квалификационного класса.
Максименко П.В. окончил в 2011 году Северо-Западный филиал ГОУ ВПО «Российская академия правосудия» (г. Санкт-Петербург) с присвоением квалификации «юрист» по специальности «юриспруденция». С сентября 2011 года по май 2020 года проходил государственную гражданскую службу в Мурманском гарнизонном военном суде на должностях специалиста 1 разряда, помощника судьи, помощника председателя суда. Указом Президента Российской Федерации от 22 апреля 2020 года №279 назначен судьей Северодвинского гарнизонного военного суда. Является судьей 6 квалификационного класса.
Аппарат суда состоит из начальника отдела, помощника председателя суда, 2 помощников судей, 4 секретарей судебных заседаний, главного специалиста и старшего специалиста 1-го разряда.